脳梗塞の発症直後は、TPAというお薬を皮膚表面の静脈から注射して詰まった脳の動脈の血の固まり（血栓）を溶かします（超急性期血栓溶解療法）。また、皮膚表面下の動脈からカテーテルという管とステントという器具を脳動脈まで入れて血栓を絡めとる治療（経皮的脳血栓回収療法）を行います。
発症早期から、手足の麻痺や嚥下（えんげ）障害（むせ込み食事がとれない）などへのリハビリを開始することも重要です。当院でも、リハビリテーション科と連携し発症直後から行っています。
原因をしっかり調べて再発しないように努力することも大切です。脳卒中の主な原因は、高血圧、糖尿病、脂質異常症（悪玉コレステロールが高いなど）、喫煙や、歳をとると生じやすい心房細動（脈の乱れの一種類）などです。その他、内科医が診る色々な病気が脳卒中を引き起こすこともあり、抗血栓薬（血をさらさらにするお薬）以外の薬や対応が必要になります。
当院では、当科がいろいろな検査・設備を使って原因をしっかり調べています。例えば、経食道心エコーという特殊な検査を行っています。この検査は、胃カメラと同じようなチューブを口から飲み込んでいただき食道まで先端をすすめます。そして、心臓や大動脈に、剥がれた血栓が血液の流れに乗って脳の動脈を詰めるような源になる異常がないか詳細に調べます。
上述した主な原因がない場合、さらに、癌や免疫（血管の炎症）の病気、内分泌（甲状腺機能など）、血液の病気などがないか調べていきます。